除了其系统范围内的宗旨，联检组的融资模式代表了另一个创新的途径。根据其《章程》第20条，其预算包含在联合国常规预算以及“经各组织同意，联检组的开支须由各参与组织分担”。因此，所有的通过其《章程》的机构同意基于一个成本共担的协议为其提供资金支持。
在2016至2017两年度之间，联检组的完整预算（还未重计费用）为1400万美元。其所分配到的2016年常规预算为650万美元，其中百分之九十三为人事费用。
Source: Report of the Joint Inspection Unit for 2016 and Programme of Work for 2017
