​Para facilitar el manejo, la aplicación y seguimiento de las recomendaciones, cada informe y/o nota contiene una tabla que especifica las recomendaciones que requieren una decisión de los órganos de gobierno y aquellas que pueden ser tramitadas por el jefe ejecutivo.
 
El procedimiento para la manipulación y procesamiento de informes y/o notas se describe en los artículos 11 y 12 del Estatuto de la DCI. La Dependencia estableció acuerdos de seguimiento específicos con una serie de secretarías de las organizaciones participantes.  A partir de 2012, 14 acuerdos de seguimiento fueron establecidos. El “acuerdo modelo” aprobado por la secretaría de Naciones Unidas es aplicable a sus fondos y programas, pero algunos han llegado a una serie de acuerdos específicos para mejorar la colaboración. Estos acuerdos, basados en el principio de responsabilidad compartida, definen las medidas y condiciones para un seguimiento eficaz de las recomendaciones de la DCI por parte de la Dependencia, las secretarías de las organizaciones participantes y de los Estados Miembros. De hecho, el monitoreo sistemático y el seguimiento exhaustivo del estado y la aplicación de las recomendaciones emitidas por los órganos de supervisión es uno de los elementos más importantes de una supervisión efectiva. En respuesta de reiteradas peticiones de la Asamblea General para el fortalecimiento del sistema de seguimiento de la Dependencia sobre la aplicación de sus recomendaciones, en particular en sus resoluciones 62/246 y 64/262, la DCI ha desarrollado un sistema basado en web para controlar el estado de las recomendaciones y recibir actualizaciones de las organizaciones individuales.
 
El sistema de seguimiento tiene por objetivo el seguimiento de la aceptación, implementación y el impacto de las recomendaciones contenidas en informes, notas y cartas de gestión confidencial de la Dependencia Común de Inspección. Como tal, es una herramienta fundamental para el diálogo de la Dependencia con las organizaciones participantes.